Het in kaart brengen van de subtypes en hun micro-omgeving in pancreas kanker

Mijn PhD project focust zich enerzijds op het verzamelen van klinische stalen en het maken van tumor-afgeleide modellen en anderzijds op het in kaart brengen van de moleculaire subtypes van humaan pancreas adenocarcinomen (PDAC). Dit project gebeurde deels in opdracht en in samenwerking met de industrie (Innoser NV). Wij gebruiken geavanceerde RNA in situ hybridisatietechnieken (RNAScope™, BaseScope™) in combinatie met immunofluorescentie voor het bestuderen van de zogenaamde ‘klassieke’ en ‘basale’ tumorcellen in hun spatiale en functionele context. Wij optimaliseerden de BaseScope™ technologie voor het succesvol detecteren van KRASG12D transcripten, de meest prevalente puntmutatie in PDAC. Op basis van gekende literatuur hebben wij subtype-specifieke genen geselecteerd en succesvol geoptimaliseerd voor geautomatiseerde multiplex RNA-kleuringen. Hiermee observeren we een extreme fenotypische en functionele heterogeniteit tot op het niveau van individuele tumor ducten. Additioneel werd deze heterogeniteit gerecapituleerd in experimentele modellen van patiënt afgeleide organoïden met of zonder kanker-geassocieerde fibroblasten. Deze analyse toont het belang aan van de spatiale organisatie van de tumor niche bij het reguleren van de tumorcel plasticiteit. Het doel van dit afwerkingsproject is om de tumorale micro-omgeving in kaart te brengen in relatie tot de pancreas kanker subtypes. Hiervoor zullen we gebruik maken van nieuwe en geavanceerde tumor profileringstechnieken die gebaseerd zijn op hyperplex RNA/eiwit detectie (Molecular Cartography, Cosmx, Ultivue). De focus ligt op de verschillende gerapporteerde subpopulaties van fibroblasten en immuuncellen. Wij zijn er van overtuigd dat deze bijkomende analyse zal leiden tot een mooi geheel en een afgewerkte doctoraatsthesis.