BINDER: een nieuwe techniek voor een complete en zeer precieze diagnostiek van longkanker.

Longkanker is wereldwijd de belangrijkste oorzaak van kankersterfte met naar schatting 1,8 miljoen sterfgevallen in 2020. Uit het Belgisch kankerregister blijkt dat in 2019 in totaal 6.728 nieuwe niet-kleincellige longkankerdiagnoses werden gesteld, waarvan 4.100 (61%) een longadenocarcinoom. Om voor het longadenocarcinoom de meest aangewezen behandeling te duiden wordt op een biopsie van de tumor steeds een uitgebreide biomerker diagnostiek verricht. Hieruit blijkt dat ongeveer de helft van deze kankers gekenmerkt wordt door een “oncogene addictie” (ofwel mutaties in genen ofwel aanwezigheid van fusiegenen) die met doelgerichte moleculaire therapie behandeld kan worden. Voor de andere helft zonder gekende “oncogene addictie” is veelal immuuntherapie aangewezen en kunnen biomerkers zoals PD-L1 expressie op de tumorcel, eventueel in combinatie met het aantal pathogene mutaties (tumor mutational burden of TMB) en/of tumorinfiltratie door immuuncellen, de respons op immuuntherapie voorspellen.
Om de best passende therapie te selecteren voor de patiënt is correcte biomerker diagnostiek op een tumorstaal cruciaal. Op heden vergt dit een brede waaier aan analyses in het laboratorium waarvoor niet altijd voldoende weefsel aanwezig is en/of waardoor de periode tot finale resultaten kan oplopen tot weken. Daarom zullen we in dit onderzoeksproject een nieuwe aanpak ontwikkelen gebruik makend van volledige transcriptoom analyse startende vanuit beschikbaar RNA, waarbij we tijdig en op zeer weinig tumormateriaal een complete en precieze sequentie-analyse (biomerker diagnostiek) kunnen bepalen. Hiervoor zullen we een nieuwe krachtige bio-informatica pijplijn, BINDER, ontwikkelen die informatie van verschillende algoritmes zal combineren en waarbij alle informatie van de geanalyseerde stalen zal gecollecteerd worden in een database. Op deze manier kunnen we zowel alle mogelijke genfusies, genmutaties en co-mutaties opsporen voor doelgerichte behandeling, als (immuun-gerelateerde) genexpressie patronen, immuuncel infiltratie en TMB bepalen. Bovendien stelt deze nieuwe techniek ons in de mogelijkheid om nieuwe biomerkers te ontdekken.
Het volledige project zal getrokken worden door een multidisciplinair team met sterke betrokkenheid van bio-informatica, pathologie, genetica en clinici in de respiratoire oncologie. Finaal zullen we met dit project onder andere in staat zijn om binnen ons netwerk een zeer uitgebreide genetische analyse aan te bieden aan alle patiënten bij wie een longadenocarcinoom wordt vastgesteld. Daarnaast zullen we de mogelijkheid hebben om via een reeds bestaand virtueel multidisciplinair overleg een gepersonaliseerde immuuntherapie of doelgerichte moleculaire systeemtherapie te adviseren, met tevens de mogelijkheid van een nieuwe behandeling binnen een klinische studie.