Exploratie van het neuroblastoom-DNA-methyloom: identificatie van verschillen tussen biologische subgroepen en optimalisatie van biomerkerdetectie in plasma

Neuroblastoom is een zeldzame kindertumor die ontstaat uit immature sympathische zenuwcellen. Bij diagnose worden de patiënten ingedeeld in een specifieke risicogroep, een classificatie die gebaseerd is op een combinatie van specifieke klinische en biologische parameters, om zo voor elke patiënt het meest geschikte behandelingsprotocol op te stellen. Follow-up studies hebben echter aangetoond dat het huidige classificatiesysteem kan leiden tot over- of onderbehandeling en dus dat bijkomende merkers nodig zijn om het systeem verder te optimaliseren. In dit kader werd in het Centrum Medische Genetica Gent onderzoek uitgevoerd naar de identificatie van prognostische DNA-methylatiebiomerkers. Hiertoe werden studies opgezet om de DNA-methylatieprofielen van neuroblastoomtumoren op een genoomwijde manier in kaart te brengen met behulp van methyl-CpG-binding domain (MBD)-sequenering, en werd een methylatie-specifieke PCR (MSP)-technologie geïmplementeerd om de geïdentificeerde kandidaatmerkers verder te evalueren. Deze studies leidden tot de identificatie van verscheidene individuele nieuwe DNA-methylatiemerkers, alsook van een robuuste prognostische multimerker signatuur. De gegenereerde MBD-sequeneringsdata kunnen echter ook van belang zijn om de biologische processen die aan de basis van de tumorpathologie liggen, verder te ontrafelen.
Omwille van deze reden is het belangrijk dat deze unieke data voor andere onderzoekers beschikbaar worden gesteld en dus eveneens voor andere (meer biologisch gerichte) doeleinden kunnen worden aangewend. Om de waarde van de MBD-sequeneringsdata hierin verder te illustreren zal de impact van bepaalde specifieke biologische parameters (i.e. de amplificatiestatus van het MYCN oncogen en het tumorstadium) op het methyloom worden nagegaan. Ten slotte zal ook een nieuwe techniek, digitale droplet MSP genaamd, worden geoptimaliseerd, die moet toelaten DNA-methylatie te detecteren in het bloed van de patiënt. Op deze manier kunnen de geïdentificeerde biomerkers vertaald worden naar een klinisch bruikbare assay.