Profilering van (sub)klonale architectuur en fylogenie in tumoren door sequenering van genomen en transcriptomen van individuele cellen

Kanker ontstaat door een opeenstapeling van fouten in het DNA of het genoom, wat leidt tot een ongecontroleerde celdeling, waardoor een celmassa ontstaat. De genomen van kankercellen verschillen dus significant van het genoom van gezonde cellen. Het in kaart brengen van deze verschillen is belangrijk, omdat dit kan leiden tot de identificatie van genen en mechanismen die de kanker hebben veroorzaakt. Met de huidige technologie kan de genoomsequentie van een kanker nu in slechts een paar dagen worden uitgelezen tegen een redelijke prijs waardoor er nu voor meerdere typen kanker genoomsequenties beschikbaar zijn. Wij zullen ons richten op het vaststellen van verschillen tussen de genomen van verschillende cellen binnen één kanker door nieuwe methodologie voor de analyse van individuele cellen te ontwikkelen. Daarnaast zullen we de verschillende 'soorten cellen' karakteriseren, die zijn ontstaan binnen één kanker door de genexpressie van dezelfde individuele cellen te bestuderen. Ook zullen we onderzoeken hoe de oorsprong van deze ‘soorten cellen' gerelateerd zijn aan de opeenstapeling van fouten in het genoom. Het doel is oorzakelijke veranderingen in het kankergenoom te identificeren en om inzicht te krijgen in de evolutionaire processen waardoor de kanker wordt gevormd. De methodologie die in dit project ontwikkeld zal worden zijn een stap op weg naar een voor de patiënt op maat gemaakte behandeling, omdat de genetische architectuur van een kanker per patiënt uniek is.