Ontwikkelen van een in vivo functionele assay voor het bepalen van het pathogeen effect van varianten in borstkankergenen

Biomedisch
Promotors:
Kathleen Claes (Ugent)
Project Partners:
Ugent
Budget uitgereikt door Kom op tegen Kanker:
€65.000

Samenvatting

De borstkankergenen BRCA1 en BRCA2 zijn de meest bekende genen geassocieerd met een sterk verhoogd risico op borstkanker. Andere genen, zoals ATM en BARD1, zijn geassocieerd met een matig verhoogd risico. Deze genen zijn allemaal betrokken in het herstel van DNA schade via Homologe Recombinatie (HR). De implementatie van next generation sequencing technieken zorgde ervoor dat er zeer veel varianten in deze genen zijn ontdekt, waarvan we niet altijd weten of deze schadelijk zijn of niet. Vanwege de aard van deze mutaties is het zeer moeilijk om dit te bepalen. Dit geeft aanleiding tot stress en frustraties bij zowel de patiënt als de arts. De meest geschikte manier om de werkzaamheid van deze varianten te bepalen is aan de hand van een functionele assay, die het effect van de variant test in een bepaald systeem. De bestaande testen beperken zich tot werk in celculturen. Dit geeft echter niet altijd de reële situatie weer. Wij stellen een systeem voor waar de variant in een levend modelsysteem (in vivo) wordt getest, dit aan de hand van het zebravis diermodel. Dit zal toelaten om een meer accurate bepaling te doen van het effect van de variant. Ik wil dit uitvoeren voor varianten in BRCA2, ATM en BARD1. Mijn project bestaat uit twee delen: In een eerste fase wil ik bewijzen dat deze genen dezelfde functie vervullen in zebravis als in mensen. In een tweede fase wil ik dan het effect van varianten op de functie van de eiwitten gecodeerd door deze genen onderzoeken. Momenteel heb ik voor BRCA2 en ATM reeds bewezen dat hun functie inderdaad geconserveerd is in zebravis. Voor BARD1 loopt dit onderzoek nog. Ik heb voor deze genen ook een assay ontwikkeld waarmee ik kan nagaan of een variant pathogeen is of niet. Voor BARD1 ben ik nog bezig met verdere optimalisatie stappen. Een groot struikelblok vormt nu het inbrengen van deze volledige genen in het zebravismodel. De genen zijn zeer groot wat dit bemoeilijkt. Ik zal echter nieuwe kits testen, alsook via twee methoden (Crispr-Cas9 en Integrase) deze varianten introduceren in zebravis embryo’s. Dit zal me toelaten om op een accurate manier vast te stellen welke varianten aanleiding kunnen geven tot het ontwikkelen van borstkanker en welke niet. Dit zal toelaten om patiënten met dergelijke varianten in hun genen, alsook hun families beter te begeleiden omtrent mogelijke stappen om hun risico op borstkanker te verminderen. Daarnaast is deze informatie ook belangrijk om na te gaan welke borstkankerpatiënten gebaat kunnen zijn met specifieke therapieën zoals PARP inhibitoren.